Se localizan en cualquier parte de la mucosa bucal (labios, lengua, suelo de la boca, paladar blando). Se pueden acompañar de inflamación de toda la boca, febrícula, y adenopatías regionales, si hay sobreinfección bacteriana. Las lesiones pueden persistir por días o semanas, se curan sin cicatrización ni evidencia de su existencia previa y la recurrencia tiene lugar después de periodos de remisión de variable duración.

Episodios recurrentes similares pueden aparecer en la enfermedad de Behçet, la enfermedad de Crohn, la colitis ulcerativa idiopática, la enfermedad de Reiter, en la inmunosupresión propia de la infección por HIV y muchas otras que tienen en común una patogenia autoinmune, la enfermedad celíaca, el síndrome de fiebres periódicas con estomatitis aftosa, faringitis y adenitis y las deficiencias nutricionales; estos trastornos generalmente producen signos y síntomas sistémicos. Las úlceras bucales recurrentes aisladas pueden aparecer también con la infección herpética.

La exploración física y un detallado interrogatorio son suficientes para establecer un adecuado diagnóstico positivo y diferencial. El diagnóstico se basa en la apariencia y en la exclusión

Dada la diversidad de la etiología de la estomatitis aguda recurrente, el tratamiento propuesto está dirigido a modular la respuesta inflamatoria, aliviar los síntomas y evitar las recurrencias.